O Selo Nacional Unimed de Governança Cooperativa tem como objetivo estimular o Sistema Unimed à prática da Governança Cooperativa como um diferencial, ressaltar o compromisso das organizações, pela busca e aprimoramento constante dos conceitos presentes na governança, obtendo, por consequência, o respeito dos seus colaboradores, das sociedades e comunidades onde estão inseridas, o reconhecimento de mercado e a valorização do trabalho médico, por meio dos resultados apresentados.

A Unimed São José do Rio Preto recebeu em 2013 o selo ouro e em 2014 o selo prata.